Berdasarkan Undang-Undang tersebut luas wilayahnya terdiri atas wilayah daratan 3.160.46 km2 dan wilayah laut 18.828.10 km2.

Secara geografis, Banggai Kepulauan terletak pada kordinat 10 06’ 00” – 20 20’ 00” LS dan 1220 40’ 00” – 124¬013’ 30” BT. Sebelah Utara berbatasan dengan Selat Peleng/Laut Maluku, sebelah Timur berbatasan dengan Laut Maluku, sebelah Selatan berbatasan dengan Teluk Tolo dan sebelah Barat berbatasan dengan Selat Peleng.

Dan secara operasional mengawali diselenggarakannya Pemerintahan Daerah Kabupaten Banggai Kepulauan ini ditandai dengan upacara peresmian pada tanggal 3 November 1999 di kota Banggai oleh Gubernur Sulteng H.B.Paliudju sekaligus melantik H.M.Ali Hamid,SH sebagai pelaksana tugas Bupati pertama atas nama Menteri Dalam Negeri

Selanjutnya melalui Rapat Paripurna Khusus DPRD Banggai Kepulauan dipimpin Ketuanya Gafar Moidady,SH taanggal 30 Mei 2001, pasangan H.M.Ali Hamid dan Drs.Sunarto Saleh terpilih sebagai Bupati dan Wakil Bupati untuk periode 2001-2006. Kemudian keduanya digantikan oleh pasangan Drs.H.Irianto Malingong dan Drs.Ehud Salamat yang memenangkan pemilihan langsung dalam Pemilukada Bangkep tahun 2006, sebagai Bupati dn Wakil Bupati untuk masa bhakti 2006-2011. Selanjutnya mereka digantikan oleh pasangan Drs. Lania Laosa dan Drs. H. Zakaria Kamindang yang memenangkan Pemilukada Bangkep tahun 2011. Pasangan Bupati dan Wakil Bupati ini akan memimpin Bangkep hingga tahun 2016.

Setelah peresmiannya sebagai daerah otonom kabupaten, kondisi administratif pemerintahan Banggai Kepulauan baru memiliki 9 kecamatan, masing-masing Kecamatan Tinangkung, Liang, Labobo Bangkurung, Banggai, Totikum, Bulagi, Buko dan Tataba serta 6 kelurahan dan 156 desa. Dalam perjalanan selanjutnya melalui proses pemekaran bertambah 13 kecamatan masing-masing Kecamatan pemekaran Bokan Kepulauan, Bangkurung, Labobo, Banggai Utara, Banggai Tengah, Banggai Selatan, Totikum Selatan, Tinangkung Selatan, Tinangkung Utara, Peleng Tengah, Bulagi Utara, Bulagi Selatan dan Buko Selatan serta 11 desa pemekaran. Sedang jumlah penduduknya baru tercatat sekitar 146.748 jiwa dengan rincian 74.377 pria dan 72.171 jiwa perempuan.

Meskipun Banggai Kepulauan wilayahnya sebagian besar merupakan kawasan perairan, tidak berarti sebagian besar penduduknya bergerak dalam sektor kelautan sebagai nelayan. Berdasarkan lapangan kerja, ternyata sebagian besar penduduknya berada pada sektor pertanian tanaman pangan & palawija sebanyak 11.484 jiwa. Menyusul di bidang perikanan 5.930 jiwa, bidang industri 1.745 jiwa, perdagangan 3.049 jiwa dan PNS 2.152 jiwa.

Sebagai wilayah kepulauan, daratan Banggai Kepulauan yang luasnya 3.160.46 km2 itu terdiri atas 121 pulau sedang dan pulau-pulau kecil tersebar di perairan Teluk Tolo. Diantara pulau sedang itu adalah Pulau Peleng (2.340 km2), Pulau Banggai (268 km2), Pulau Bangkurung (145 km2), Pulau Salue Besar (84 km2) dan Pulau Labobo (80 km2).

Banyaknya pulau yang bertebaran di wilayah perairan Banggai Kepulauan ini, masih banyak ditemukan pulau-pulau kecil yang belum berpenghuni. Bahkan ada diantaranya yang belum bernama. Berdasarkan hasil survey Tim Ekspedisi Wallacea (2004) dari Badan Riset Sumber Daya Kelautan & Perikanan Non Hayati Departemen Kelautan & Periaan Pusat di perairan Bokan Kepulauan ditemukan sebanyak 90 gugus pulau sedang dan kecil dan 67 pulau diantaranya belum bernama, termasuk 15 pulau yang telah dihuni oleh penduduk.(Soeria Lasny).